Srce za svoje delovanje potrebuje veliko energije, v njem je več magnezija kot v drugih organih. Pogosto je protiutež kalcija, skrbi za nadzor njegovega delovanja in energijsko presnovo v srčni mišici. Če ga je premalo, lahko prispeva k okrepitvi nastopa motenj srčnega ritma. Kalcij namreč skrbi za vzburjenje, magnezij pa za sproščanje srčne mišice.

Magnezij je pomemben za boljšo preskrbo celic srčne mišice s kisikom, pomaga pa tudi zniževati krvni tlak, saj sprošča gladko mišičje in širi žile.